欢迎访问《实用心脑肺血管病杂志》官方网站
ISSN 1008-5971CN 13-1258/R
实用心脑肺血管病杂志

实用心脑肺血管病杂志

JOURNAL PORTAL

河北省医学情报研究所主办

当前位置:首页过刊浏览2023年 / 31卷 / 03期基于生物信息学分析Stanford A型主动脉夹层和高血压的共同差异表达基因

基于生物信息学分析Stanford A型主动脉夹层和高血压的共同差异表达基因

王雨桐[1,2]
范家铭[2,3]
杨秭莹[2]
蒋廷波[1]

[1] 苏州大学附属第一医院心血管内科

[2] 苏州大学心血管病研究所

[3] 苏州大学附属第一医院心脏大血管外科

实用心脑肺血管病杂志 2023年 / 31卷 / 03期81-86
2 次引用

摘要

目的 基于生物信息学分析Stanford A型主动脉夹层(AD)和高血压的共同差异表达基因(DEGs)。方法 本研究时间为2021年6月至2022年6月。在美国国家生物技术信息中心的基因表达综合数据库(GEO)筛选出GSE52093数据集和GSE76845数据集,采用在线编辑工具GEO2R筛选GSE52093数据集和GSE76845数据集的DEGs,绘制韦恩图以分析GSE52093数据集和GSE76845数据集的共同DEGs。利用在线数据库DAVID对GSE52093数据集、GSE76845数据集的DEGs及二者共同DEGs进行GO功能富集分析,利用在线数据库KOBAS 3.0对GSE52093数据集和GSE76845数据集的共同DEGs进行KEGG通路富集分析。将GSE52093数据集和GSE76845数据集的共同DEGs的蛋白质相互作用网络图导入Cytoscape软件,并根据最大领域组件密度(DMNC)、边缘渗透组件(EPC)、最大集团中心度(MCC)、应力、度五种拓扑分析方法筛选Hub基因,然后通过韦恩图筛选五种拓扑分析结果的共同Hub基因。结果韦恩图分析结果显示,GSE52093数据集与GSE76845数据集的共同DEGs有16个,其中共同上调DEGs 8个,共同下调DEGs 8个。GO功能富集分析结果显示,GSE52093数据集和GSE76845数据集的共同DEGs主要富集在骨化、细胞分化的负调控、激素调节和细胞周期的负调控。KEGG通路富集分析结果显示,GSE52093数据集和GSE76845数据集的共同DEGs主要富集在叶酸-一碳单位循环、叶酸代谢、嘧啶代谢、胆固醇代谢和Hippo通路。韦恩图筛选出7个共同Hub基因,分别是MAD2L1、TYMS、SPP1、ACTG2、MARK1、LATS2、CASQ2,其中MAD2L1、TYMS、SPP1为下调Hub基因,ACTG2、MARK1、LATS2、CASQ2为上调Hub基因。结论 本研究共筛选出7个Stanford A型AD和高血压的共同Hub基因,分别是MAD2L1、TYMS、SPP1、ACTG2、MARK1、LATS2、CASQ2,其中上调的Hub基因ACTG2、MARK1、LATS2、CASQ2可能成为AD伴高血压患者的生物学预测因子和潜在药物作用靶点。

关键词

动脉瘤,夹层主动脉夹层高血压差异表达基因计算生物学

参考文献

共0条
正在加载参考文献...

版权声明

本文版权归编辑部所有。未经书面授权,不得转载、摘编或利用其他方式使用本文内容。