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ISSN 1008-5971CN 13-1258/R
实用心脑肺血管病杂志

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河北省医学情报研究所主办

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基于加权基因共表达网络分析筛选阿尔茨海默病的血液关键基因

魏冕[1]
张亚恒[2]
韩亚[2]
齐俊丽[3]

[1] 河南科技大学第一附属医院神经内科

[2] 河南科技大学第二附属医院神经内科

[3] 洛阳职业技术学院康复医学院

实用心脑肺血管病杂志 2022年 / 30卷 / 10期92-96
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摘要

目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选阿尔茨海默病(AD)的血液关键基因。方法 2021年5—7月,利用美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库收集AD相关数据,以AD患者为实验组,以年龄匹配的健康老年人为对照组。采用WGCNA构建差异基因的共表达网络,以进一步筛选与临床特征相关性较高的基因模块。利用注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)对基因模块进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。以基因显著性(GS)>0.9和模块身份(MM)>0.9为临界标准筛选模块中的核心基因,再使用Cytoscape的cytoHubba插件筛选蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络中的关键基因。结果 本研究数据集为GSE97760队列的19个血液样本,其中实验组10个血液样本、对照组9个血液样本。最终拆分出4个基因共表达模块,结果显示,黑色模块与AD呈正相关(r=0.89),绿色模块与AD呈负相关(r=-0.90)。GO富集分析结果显示,黑色模块和绿色模块基因的生物学功能主要富集于转录、参与泛素依赖性蛋白质分解代谢过程的蛋白质泛素化,细胞组成主要富集于核、核质,分子功能主要富集于蛋白质结合、DNA结合、泛素蛋白转移酶活性。KEGG通路富集分析结果显示,黑色模块和绿色模块基因主要调节途径包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路。在黑色模块中共得到4个关键基因(CUL5、RBM25、SRSF10、SRSF2),其中CUL5的最大团中心性(MCC)、最大相邻成分(MNC)、节点连接度(degree)、边缘渗滤分量(EPC)均最大。结论 CUL5是AD的血液关键基因,其可调控PI3K-Akt、MAPK信号通路,并有望成为AD潜在的诊断和治疗靶点。

关键词

阿尔茨海默病加权基因共表达网络分析血液基因

参考文献

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